Der Fluss Lužnice ist der rechte Nebenfluss des Flusses Vltava, in den er in der Nähe von Týn nad Vltavou, im Gebiet des Wasserspeichers Kořensko mündet.

Er entspringt in Österreich, am westlichen Abhang des Bergs Aichelberg, im Gebirge Novohradské hory, in der 920 m Seehöhe. In Österreicht heißt er die Lainsitz. Der Fluss Lužnice fließt etwa 4 km von der Quelle nach Böhmen ein. Etwa drei Kilometer des Flusses bilden die Staatsgrenze. Dann kehrt er nach Österreich zurück. In Böhmen ist der Fluss verhältnismäßig stark. Bis zur Stadt České Velenice fließt er durch eine bewaldete Gebirgslandschaft. Hinter České Velenice fließt er ins breite Becken Třeboňská pánev ein, das durch das Teichsystem aus dem 15. Jh. und aus dem 16. Jh. bekannt ist. Das Flussbett bildet in diesem Abschnitt zahlreiche Windungen und Seitenarme. Der Fluss Dračice, der durch die von Menschen unbetroffene malerische Landschaft an den Grenzen zu Österreich fließt, mündet in den Fluss Lužnice hinter der Stadt Suchdol nad Lužnicí. Der etwa 48 km lange Kanal Zlatá stoka zweigt beim großen Wasserwehr genannt Pilař vom Fluss Lužnice ab. Der Entwässerungskanal Nová řeka zweigt beim Teichwächterhaus Novořecká bašta vom ursprünglichen Flussbett nach rechts ab. Zwischen den Gemeinden Majdalena und Stará Hlína sind das ursprüngliche ungeregelte Flussbett mit vielen Mäandern und seine Umgebung als Naturreservat Meandry Lužnice bekannt. Unter dem Namen Stará řeka fließt der Fluss Lužnice um die Stadt Třeboň und durch das gleichnamige Reservat, hinter dem er Wasser in den größten tschechischen Teich Rožmberk bringt. Unter ihm fließt er durch das LSG Třeboňsko bis zur Stadt Veselí nad Lužnicí. Hier schließt sich der Kanal Zlatá stoka an. Der rechte Nebenfluss Nežárka mündet in ihn in Veselí nad Lužnicí. Der Fluss Lužnice fließt weiter um das Torfmoor Borkovická blata zu den Städten Soběslav und Tábor. Vor Tábor wird das Flusstal tiefer und enger. Der Fluss floss bisher direkt nach Norden, unter den Stadtmauern ändert er heftig seine Flussrichtung nach Südwesten. Hinter Tábor fließt er durch ein enges Felsental. Der Bach Vlásenický potok, dessen Unterlauf als Naturdenkmal geschützt ist, mündet in ihn von rechts. Der Fluss Lužnice fließt weiter um die Burgruinen Příběnice und Dobronice zur Kurstadt Bechyně. Die wertvolle Kettenbrücke überbrückt ihn bei Stádlec, etwa in der Hälfte der Strecke zwischen den Städten Tábor und Bechyně. Der Fluss Smutná mündet in ihn in Bechyně von rechts. Hinter der Stadt Bechyně schließt sich der Bach Židova strouha an, der durch einen schönen Canyon fließt. Von Bechyně ist das Flussbett von bewaldeten Hängen eingeschlossen. Bei Koloděje nad Lužnicí beginnt die Stauung des Stausees Orlík. Der Fluss fließt zur Stadt Týn nad Vltavou, vor der er in den Fluss Vltava in der Nähe von Neznašov mündet.

Der Fluss Lužnice ist ein typischer Tieflandsfluss, dessen Flusslauf durch zahlreiche Wasserwehre gestaut ist. Der langsame Strom wird schneller nur während des Tauwetters im Frühling oder nach größeren Regen. Der Fluss wird als Paradies der tschechischen Wassersportler bezeichnet, weil er zu den Flüssen gehört, die man bei uns am häufigsten befährt. Sein ganzer Flusslauf auf unserem Gebiet ist praktisch befahrbar. Der Abschnitt der besten Befahrbarkeit beginnt bei der Stadt Suchdol nad Lužnicí und endet erst vor der Mündung in den Fluss Vltava. Der Fluss Lužnice ist von der Quelle bis zum Zusammenfluss mit dem Fluss Vltava 208 km lang. Er entwässert ein Gebiet von 4.226 Quadratkilometern.

Die Trasse der roten touristischen Markierung führt vom Teich Rožmberk nach Veselí nad Lužnicí und weiter zu Dráchov entlang des Flusses. Die Trasse der blauen touristischen Markierung führt von Dráchov nach Soběslav um den Fluss. Zwischen den Städten Planá nad Lužnicí und Tábor gibt es die Trassen der blauen und der gelben touristischen Markierung. Die Trasse der roten touristischen Markierung führt durch den interessantesten Teil des Flusstals zwischen der Stadt Tábor und dem Zusammenfluss mit dem Fluss Vltava.