Das LSG Třeboňsko wurde im November 1979 erklärt. Wegen bedeutenden Naturwerten wurde sein Gebiet schon im Jahr 1977 ins Weltnetz der biosphärischen Reservate von UNESCO eingegliedert. Das 700 Quadratkilometer große LSG erstreckt sich im südöstlichen Teil der Tschechischen Republik, an der Staatsgrenze zu Österreich, in den Kreisen Jindřichův Hradec, Tábor und České Budějovice. Es ist das erste großräumige Gebiet bei uns, das sich in der flachen, ebenen Landschaft befindet.

Das LSG Třeboňsko ist reich an Pflanzenarten, deshalb ist es unter dem naturwissenschaftlichen Gesichtspunkt sehenswert. Zum großen Reichtum gehören die Nadel-und Mischwälder. In den Feuchtgebieten kommen einige seltene feuchtliebende Pflanzen vor, die es nirgendwo anders in der Tschechischen Republik gibt. Hier befinden sich auch einige Lokalitäten mit verschiedenen Wiesen mit vielen Pflanzenarten aus der Gattung Knabenkräuter, die in Mitteleuropa schon selten sind. Zum Studium der Pflanzenwelt von Steh- und Fließgewässern wurde die hydrobiologische Abteilung vom Botanischen Institut der Tschechischen Akademie der Wissenschaften in Třeboň gegründet.

Im LSG Třeboňsko gibt es auch viele verschiedene Tierarten. Zu ihnen gehören vor allem viele Wasservögel. Zu ihrer Beobachtung wurde das weltbekannte ornithologische Reservat Velký a Malý Tisý in der Nähe von Třeboň errichtet.

Die außergewöhnlich wertvollen und einzigartigen Teile der reichen und bunten Natur im LSG Třeboňsko sind in kleinräumigen Schutzgebieten geschützt. Von 28 Schutzgebieten im LSG Třeboňsko haben fünf Schutzgebiete das Statut des Nationalnaturreservates – das Nationalnaturreservat Velký a Malý Tisý bei Lomnice nad Lužnicí, das Nationalnaturreservat Stará řeka unweit von Třeboň mit natürlichen Mäandern des Flusses Lužnice und Resten der Auenwälder, das Nationalnaturreservat Ruda mit dem Torfmoor am südlichen Ufer des Teiches Horusický rybník, die Nationalnaturreservate Červené blato und Žofínka mit erhaltenen Torfmooren.
Im LSG Třeboňsko wurden auch Naturreservate errichtet, z.B. das Naturreservat Bukové kopce unweit von Chlum u Třeboně, das Naturreservat Horní Lužnice am Oberlauf des Flusses Lužnice bei Dvory nad Lužnicí, das Naturreservat Písečný přesyp u Vlkova unweit von Veselí nad Lužnicí, das Naturreservat Záblatské louky unweit von Záblatí bei Ponědraž.

Im LSG Třeboňsko wurden auch einige Lehrpfade errichtet. Durch das Nationalnaturreservat Červené blato führt der gleichnamige Lehrpfad, um den Teich Svět führt der Lehrpfad Cesta kolem Světa. Auf dem Damm des Teiches Svět beginnen der Lehrpfad Rožmberk und der Radweg Okolo Třeboně.