Der Fluss Vltava (Moldau) ist der längste und wasserreichste tschechische Fluss. Der Fluss trägt den Namen Vltava vom Zusamenfluss der Flüsse Teplá Vltava und Studená Vltava im Naturreservat Mrtvý luh, nicht weit von der Gemeinde  Nová Pec im Böhmerwald (Šumava).

Der Fluss Teplá Vltava, der für den Hauptquellfluss gehalten wird, quillt als Bach Černý potok am östlichen Abhang des Bergs Černá hora (1.315 m), im Böhmerwald (Šumava), in der 1.172 m Seehöhe. Seine Quelle ist als Naturreservat Prameny Vltavy (Moldauquellen) bekannt. Der Fluss trägt den Namen Teplá Vltava von der Gemeinde Borová Lada, wo er mit dem Bach Malá Vltava, der auch unter dem Namen Vltavský potok bekannt ist, zusammenfließt. Dieser Bach quillt im Waldrevier um Knížecí Pláně, in der 1.158 m Seehöhe. Der Fluss Travnatá Vltava (auch Řasnice genannt) mündet in den Fluss Teplá Vltava bei der Gemeinde Lenora. Der Fluss Studená Vltava, der zweite Quellfluss des Flusses Vltava (Moldau), quillt in Bayern unter dem deutschen Namen Altwasser, nicht weit von der Gemeinde Heidmühle.

Der Fluss Vltava (Moldau) fließt vom Zusammenfluss beider Quellflüsse nach Osten, bei der Gemeinde Nová Pec ergießt er sich in den breiten und langen Stausee Lipno, der durch seine Abdämmung bei der Gemeinde Lipno nad Vltavou entstand. Hinter dem Stausee Lipno fließt er durch ein romantisches Felsental der sog. Teufelsströme (Čertovy proudy) und unter dem Felsen Čertova stěna und sein Flusslauf ist zum Ausgleichsbecken Lipno II gerichtet, das sich vor der Stadt Vyšší Brod befindet. Das Flussbett hat im Abschnitt zwischen dem Stausee Lipno und der Stadt Vyšší Brod fast kein Wasser, weil das meiste Wasser vom Stausee Lipno durch einen Kanal vom unterirdischen Wasserkraftwerk ins Ausgleichsbecken Lipno II abgeleitet wird. Der Fluss Vltava (Moldau) fließt hinter der Stadt Vyšší Brod durch eine offene Landschaft, hat zahlreiche Windungen und ändert seine Flussrichtung nach Norden. Diese Landschaft ist für Touristen attraktiv, hier gibt es viele kulturelle und historische Sehenswürdigkeiten. Der Fluss fließt zur Burg Rožmberk und durch die Stadt Větřní und gelangt durch ein Felsental in die Stadt Český Krumlov, die das Juwel unter den südböhmischen Städten ist. Der Flusslauf ist weiter nach Norden gerichtet, der Fluss Vltava (Moldau) fließt um das Kloster Zlatá Koruna, um das keltische Oppidum Třísov und um den Felsenvorsprung mit der Burgruine Dívčí kámen.

Durch das flache Becken Českobudějovická pánev gelangt er zur südböhmischen Metropole České Budějovice, wo der Fluss Malše in ihn von rechts mündet. Der Fluss Vltava (Moldau) fließt weiter durch das von Hängen eingeschlossene Tal um die Stadt Hluboká nad Vltavou mit dem Schloss Hluboká und um die Ruine Karlův Hrádek vorbei und gelangt zum Stausee Hněvkovice, der das nahe Atomkraftwerk Temelín mit dem notwendigen Wasser versorgt. Er fließt durch die Stadt Týn nad Vltavou, wo der Fluss Lužnice in ihn von rechts mündet. Bis zur Stadt Týn nad Vltavou reicht die Stauung des Stausees Orlík, der nach dem bekannten Schloss Orlík benannt wurde und zur Moldau-Kaskade gehört. Das Schloss ragt oberhalb des tiefen Felsentals des Flusses Vltava (Moldau), das heute überschwemmt ist, an der Grenze des Süd- und Mittelböhmens empor. Im Stausee verschwand auch der Zusammenfluss der Flüsse Otava und Vltava unter der Burg Zvíkov.

Der Fluss Vltava (Moldau) fließt hinter dem Damm des Stausees Orlík weiter nach Norden und verlässt das beschriebene Gebiet. Er fließt durch die Hauptstadt Praha und mündet bei der Stadt Mělník von links in den Fluss Labe (Elbe). Obwohl der Fluss Vltava (Moldau) bis zu seinem Zusammenfluss mit dem Fluss Labe (Elbe) länger und wasserreicher ist, wurde der weitere Abschnitt des Wasserlaufs nach dem Fluss Labe (Elbe) benannt, der durch Deutschland fließt und in die Nordsee mündet. Im Abschnitt vor der Hauptstadt Praha wird das Wasser des Flusses Vltava (Moldau) durch vier Stauseen der Moldau-Kaskade (Stauseen Kamýk, Slapy, Štěchovice und Vrané) gestaut.

Der Fluss Vltava (Moldau) ist von der Quelle des Bachs Černý potok bis zum Zusammenfluss mit dem Fluss Labe (Elbe) etwa 430 km lang. Sein Flussgebiet ist um 28.000 Quadratkilometer groß.

Alle interesannten Abschnitte des Flusses sind heute entlang der touristischen Markierungen zugänglich, mit Ausnahme der streng geschützten Gebiete (z. B. das Naturreservat Mrtvý luh).