Der Fluss Malše ist der rechte Nebenfluss de Flusses Vltava (Moldau), in den er in České Budějovice mündet.

Er entspringt auf der österreichischen Seite des Gebirges Novohradské hory, an den Abhängen des Bergs Viehberg (1.114 m), in der 900 m Seehöhe. In Österreich fließt er durch bewaldete Täler nach Norden, nach der Überwindung der Staatsgrenze biegt er nach Nordwesten ab und bildet bis nach Dolní Dvořiště, wo sich der Wasserlauf nach Norden wendet, die Staatsgrenze (etwa 25 km). Bis zum Zusammenfluss mit dem Fluss Vltava (Moldau) ist der Lauf des Flusses Malše immer nach Norden gerichtet. Seine Nebenflüsse sind zuerst der Fluss Tichá, der Fluss Kamenice südlich von Kaplice und der Fluss Černá unter Kaplice (alle Flüsse sind rechte Nebenflüsse). Durch Täler mit bewaldeten Abhängen ist er unter Velešín zu Římov gerichtet, wo der Stausee Římov seinen Lauf abdämmte. Unter Římov hat er noch den rechten Nebenfluss mit dem Fluss Stropnice und dann fließt er bis zum Zusammenfluss mit der Vltava (Moldau) in České Budějovice.

Die Umgebung des romantischen südböhmischen Flusses Malše ist ein beliebtes Erholungsgebiet. Zu seinen häufigen Gästen gehören auch die Wassersportler. Der Fluss ist von Dolní Dvořiště für Schiffe befahrbar. Der Fluss ist 92 km lang und entwässert ein Gebiet von 979 Quadratkilometern. Das gesamte Flussgefälle zwischen der Quelle und der Mündung in den Fluss Vltava (Moldau) beträgt 519 Meter.

Entlang des Flusses führt die Trasse der blauen touristischen Markierung von Rychnov nad Malší (Dieses Dorf liegt etwa 2 km nordöstlich von Dolní Dvořiště.) nach České Budějovice. An diese Trasse kann man sich vor allem in Kaplice, Římov oder in Doudleby anschließen.