Der Fluss Černá entspringt in Österreich bei der Ortschaft Schwarzau am Abhang des Bergs Bärenstein (1.003 m) und ist der rechte Nebenfluss des Flusses Malše. Er fließt durch das Gebirge Novohradské hory und weiter in Richtung Nordwesten.

Der Fluss Černá ist 17,5 km lang und entwässert ein Gebiet von 75 Quadratkilometern. Er mündet in den Fluss Malše bei der Ortschaft Žďár, etwa 3 km unter Kaplice. Der älteste südböhmische Stausee wurde bei Soběnov, etwa 8 km östlich von Kaplice ausgebaut.

Der Lehrpfad Údolím Černé führt entlang eines Teiles des Flusses Černá.