Die Stadt Horažďovice liegt etwa 15 km nordöstlich von der Stadt Sušice, am Fluss Otava, in der 427 m Seehöhe.

Die ursprüngliche Marktortschaft wurde auf einem erhöhten Platz am linken Flussufer von Bavor I. von Strakonice gegründet. Schon 1293 wurde sie zur Stadt erhoben und befestigt. Hier wurde auch eine kleine, aber strategisch bedeutende Wasserfeste gebaut. Auf den Resten der Feste entstand später das Schloss Horažďovice. Nach dem Untergang der nahen Burg Prácheň übernahm Horažďovice teilweise ihre Verwaltungsfunktion. Die Stadt entwickelte sich schnell als Zentrum des ganzen Bezirkes und auch dank der mittelalterlichen Goldwäsche am Fluss. Sie wurde zum wichtigen Handelszentrum.
1307 wurde Horažďovice von Heeren des Königs Rudolf I. von Habsburg erobert, der während der Belagerung starb, und 1399 vom König Václav IV. In der Zeit der Hussitenkriege stand die Stadt bei den Hussiten. Die Entwicklung der auf dem Handelsweg von České Budějovice nach Plzeň liegenden Stadt setzte erfolgreich fort und erreichte ihren Höhepunkt im 16. Jh., wann Horažďovice auch eine eigene Wasserleitung hatte.
1619 wurde die Stadt ausgeplündert und niedergebrannt. Die neue Blüte verzeichnete sie erst im 18. Jh. Der Niedergang kam nach dem Aufbau der Eisenbahn von České Budějovice nach Plzeň. Die Stadt Horažďovice lehnte es ab, sich zu dieser Eisenbahn anzuschließen.

Am nordwestlichen Rand des trapezförmigen Platzes steht das Barockschloss, in dem sich das Stadtmuseum befindet.
Von der doppelten Stadtbefestigung blieb der Schanzenstreifen aus der zweiten Hälfte des 14. Jh. mit den Toren "Pražská brána" und "Prachatická brána" erhalten. Unweit vom Schloss steht auf dem Platz die gotische Kirche St. Peter und Paul, die gleichzeitig mit der Stadt in der 1. Hälfte des 13. Jh. gegründet wurde. Sie bekam ihre heutige Gestalt im Jahr 1316. Das hohe Hauptdomschiff wirkt von außen und von innen monumental.
Auf dem Stadtfriedhof wurde 1598 die Kirche des heiligen Johannes der Täufer gebaut, die mit ihren Maßen und ihrer schönen Bauart den Wohlstand der Stadt beweist.

Die Besonderheit von Horažďovice war die Zucht von Perlmuscheln im Flussarm von Otava, der "Mlýnská stoka" genannt wird. Die Perlmuscheln lebten jahrhundertelang im Fluss Otava und in seinen Nebenflüssen. 1775 wurden in den Wassergraben "Mlýnský náhon" 12.000 Muscheln übertragen. Die Perlmuscheln gediehen hier und wurden in fünfjährigen und zehnjährigen Zeitperioden gefangen. Beim Fang wurden sie gleich am Ufer geöffnet und die Perlen wurden herausgenommen.
Infolge der Verschmutzung des Flusswassers und des Fischereifrevels ging die Zucht von Perlmuscheln zurück, nach dem Zweiten Weltkrieg ging sie ganz ein. Die Geschichte der Zucht von Perlmuscheln in Horažďovice bringt das Stadtmuseum näher.

In der nahen Gemeinde Chanovice (etwa 10 km nördlich) kann man das Freilichtmuseum der Volksarchitektur aus dem Gebirgsvorland des Böhmerwaldes besuchen.

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