Das Gebiet des Böhmerwaldes mit außergewöhnlichem Wert des Naturmilieus, das durch die menschliche Tätigkeit auf entscheidende Weise noch nicht betroffen wurde, wurde zum LSG im Dezember 1963 erklärt. Mit seiner Fläche von 1.630 Quadratkilometern gehörte es damals zu den größten Schutzgebieten der damaligen ČSSR. Es erstreckte sich auf dem Gebiet von zwei Bezirken: der Südböhmische Bezirk (1.080 Quadratkilometer) und der Westböhmische Bezirk (550 Quadratkilometer). Das Territorium vom LSG Šumava verkleinerte sich nach der Erklärung des Nationalparks Šumava und seine Fläche beträgt 1.003 Quadratkilometer.

Das LSG Šumava erstreckt sich auf dem Gebiet der Kreise Prachatice, Český Krumlov und Klatovy und reicht von Nýrsko nach Frymburk. Die meisten außergewöhnlich wertvollen Gebiete vom ursprünglichen LSG Šumava wurden in die Zone I des neu erklärten Nationalparks Šumava einbezogen. Im verkleinerten LSG blieben viele Gebiete, die den erhöhten Schutz verdienen.

Sie sind als Nationalnaturreservate, Naturreservate, Nationalnaturdenkmäler und Naturdenkmäler geschützt.
Zu den bekanntesten Nationalnaturreservaten gehören der Urwald Boubínský prales, die Schlucht Bílá strž, die Seen Černé jezero und Čertovo jezero. Die bedeutendsten Naturreservate sind der Berg Hamižná hora, der Urwald Milešický prales.
Zu den bedeutenden Naturdenkmälern gehören Lipka, Svatý Tomáš, Velké bahno, Poušť, Malý Polec und andere.

Ein Teil vom LSG Šumava bekam das Statut des Nationalparks im März 1991. Die Erhaltung und die Verbesserung des Naturmilieus im Schutzgebiet und der Schutz oder die Erneuerung der Funktionen der Natursysteme wurden zu seiner Aufgabe.
Der Nationalpark Šumava zieht sich im Westen vom Talkessel Železnorudská kotlina und umfasst das Gebiet der Hochebenen Šumavské pláně in der Umgebung von Kvilda. Der Fluss Teplá Vltava fließt an seinen Grenzen bis zu Nová Pec am Stausee Lipno. Zu ihm gehört auch das Bergland Trojmezenská hornatina mit dem Massiv Plechý. Er ist mit der Fläche von 69.030 ha der größte Nationalpark nicht nur in der Tschechischen Republik, sondern in ganz Mitteleuropa. Die Seehöhe ist von 600 m (das Tal des Flusses Otava bei Rejštejn) bis 1.378 m (der Berg Plechý – der höchste Berg im tschechischen Teil des Böhmerwaldes).

Das LSG Šumava ist die Schutzzone des Nationalparks Šumava. Der Nationalpark Bayerischer Wald bindet an den Nationalpark Šumava auf dem Gebiet der BRD (in Bayern) an. Diese drei Gebiete (der Nationalpark Šumava, das LSG Šumava und der Nationalpark Bayerischer Wald) bilden ein einheitliches, in Europa einzigartiges Naturganzes, das von UNESCO zum biosphärischen Reservat im Jahr 1990 erklärt wurde.

Für den Naturschutz ist der Nationalpark in drei Zonen und in einige Ruhegebiete geteilt. Viele kleinere Lokalitäten haben das Statut des Naturdenkmals.
Die Zone I umfasst die wertvollsten Gebiete. Hier sind die minimalen Wirkungen der Menschen und die Besucher können sich nur auf den markierten touristischen Wegen bewegen. Im Terrain sind die Grenzen der Zone mit roten Streifen an Grenzbäumen und mit Tafeln mit der Überschrift Zone I des Nationalparks Šumava bezeichnet. In der Zone II gibt es die Gebiete mit bedeutenden Naturwerten, die durch die menschliche Tätigkeit beeinflusst wurden. Hier verläuft die Wirtschaftstätigkeit, deren Zweck die Bewahrung des Naturgleichgewichtes ist. Diese Zone wird zur Touristik und zur Erholung ausgenutzt. Die Besucher müssen sich nach der Besuchsordnung richten, sonst ist ihre Bewegung nicht begrenzt. Die Zone III (die Randzone) umfasst das Gebiet, das durch die menschliche Tätigkeit bedeutend beeinflusst wurde. Sie ist für das Dauerwohnen bestimmt, hier verlaufen Landwirtschaftsproduktion, Touristik und Erholung. Die Prinzipien des Naturschutzes sind selbstverständlich einzuhalten.

Die Ruhegebiete umfassen die wertvollsten Gebiete des Nationalparks vom Gesichtspunkt des Schutzes der Tiere, die gegen Anwesenheit von Menschen empfindlich sind, und des Pflanzenschutzes vor den enormen Beschädigungen. In diesen Gebieten kann man sich nur auf den markierten touristischen Wegen bewegen. Im Terrain sind die Grenzen der Ruhegebiete mit Tafeln bezeichnet.
Das Statut des Naturdenkmals haben die kleineren Gebiete mit außergewöhnlichem Wert, vor allem von geologischen und geomorphologischen Gesichtspunkten. Im Nationalpark Šumava gehören zu ihnen Torfmoor Chalupská slať, Torfmoor Buková slať, Talkessel Valné, Torfmoore Modravské slatě, Burgstätte Obří hrad, Naturreservat Povydří, Torfmoor Malá niva, Moldauquellen Prameny Vltavy, Berg Stožec, Berg Trojmezní hora, Torfmoor Tetřevská slať und andere.

Der Sitz der Verwaltung vom Nationalpark Šumava und vom LSG Šumava ist in Vimperk. Die Außenarbeitsstellen gibt es in Kašperské Hory und in Horní Planá. Auf dem ganzen Gebiet des Nationalparks Šumava befinden sich die Informationszentren. In den Informationszentren mit Bedienung werden die Besucher von den Mitarbeitern des Nationalparks informiert. In den Informationszentren mit Selbstbedienung bekommen die Besucher die Informationen an den übersichtlichen Wandtafeln.

Durch den ganzen Nationalpark führen viele touristische Trassen, Radwege und Loipen, auf denen die Besucher zu den schönsten Orten des Böhmerwaldes geraten. Sie sind im Terrain sehr gut markiert und auf den touristischen Karten eingezeichnet, die seit dem Jahr 1995 erschienen.

Die Wassersportler können für die Wassertouristik insgesamt 59 km ausnutzen. Die Flüsse Otava und Vltava haben die meisten Trassen.

Für die Besucher des Nationalparks Šumava und vom LSG Šumava sind viele Lehrpfade vorbereitet. Zu den bekanntesten Lehrpfaden gehören Národní park, Medvědí stezka, Chalupská slať, Boubínský prales, Churáňov, Železnorudsko, Povydří, Hamižná hora.