Bukový potok se vlévá zleva do Lužnice asi 2 km jižně od Veselí nad Lužnicí. Pramení asi 10 km jihozápadně od Veselí nad Lužnicí u obce Dolní Bukovsko. Na jeho toku byl u obce Horusice vybudován jeden z největších jihočeských rybníků - Horusický rybník. Bukovský potok je 11 km dlouhý a na svém krátkém toku odvádí vodu z území o rozloze 87 km čtverečních.

Černovický potok je pravostranným přítokem řeky Lužnice. Pramení nedaleko obce Kámen na Pelhřimovsku v nadmořské výšce 638 m. Teče jihozápadním směrem a v Soběslavi se vlévá do Lužnice ve výšce 403 m n.m. Černovický potok je dlouhý 38 km, plocha jeho povodí činí 137 km čtverečních.

Dehtářský potok se vlévá z levé strany do Vltavy asi 5 km severně od Českých Budějovic. Pramení asi 3 km východně od Lhenic na severním okraji CHKO Blanský les. Protéká Českobudějovickou pánví a u obce Bavorovic se vlévá do Vltavy. Přehrazením jeho toku asi 10 km východně od Lhenic vznikl jeden z největších jihočeských rybníků - Dehtář. Dehtářský potok je 25 km dlouhý a odvodňuje území o rozloze 144 km čtverečních.

Filipohuťský nebo také Filipský potok pramení asi 3 km východně od Modravy v rozsáhlé Tetřevské slati. Od pramene až k soutoku s Modravským a Roklanským potokem u Modravy teče západním až jihozápadním směrem.

Hamerský potok je levostranným přítoke řeky Nežárky. Pramení 3 km jižně od Počátek ve výšce 750 m n.m. Délka toku 46,5 km, plocha povodí činí 221 km čtverečních.

Holenský potok je pravostranným přítokem řeky Nežárky. Pramení asi 6 km severozápadně od Jindřichova Hradce u obce Velký Ratmírov. Protéká Jemčinskou oborou a u obce Novosedly se vlévá zprava do Nežárky. Na východním okraji Jemčinské obory byl jeho tok přehrazen a za hrází vznikl rybník Velká Holná s ostrovní rezervací. Holenský potok je 13,5 km dlouhý a odvodňuje území o rozloze 37 km čtverečních.

Říčka Kamenice je pravostranný přítok řeky Malše. Vlévá se do ní asi 3 km jižně od Kaplice. Pramení asi 2 km jižně od osady Bělá na východním svahu vrchu Vyhlídka (788 m). Její 11,5 km dlouhý tok směřuje od pramene severozápadním směrem až k soutoku s Malší. Odvodňuje území o ploše 32 km čtverečních.

Jedna ze zdrojnic Nežárky. Pramení nedaleko osady Těmice asi 6 km severně od Kamenice nad Lipou. S druhou zdrojnicí, Žirovnicí, se spojuje u Jarošova nad Nežárkou, asi 8 km severovýchodně od Jindřichova Hradce. Od pramene k soutoku s Žirovnicí je Kamenice dlouhá 28 km a odvodňuje území o rozloze 164 km čtverečních.

Koštěnický potok je pravostranným přítokem Lužnice. Pramení asi 4 km jižně od obce Kunžak na svazích vrchu Vysoký kámen (738 m). Od pramene teče západním směrem, potom se stáčí na jihozápad. Západně od Nové Bystřice tvoří v délce asi 10 km státní hranici mezi Rakouskem a ČR. Přehrazením jeho toku u obce Staňkov vznikl Staňkovský rybník. Nedaleko Chlumu u Třeboně ústí Koštěnický potok do Lužnice. Je dlouhý 41 km a odvodňuje území o ploše 171 km čtverečních.

Miletínský potok je levostranným přítokem řeky Lužnice. Pramení asi 2 km jihozápadně od Lišova, teče severním směrem a ústí do Lužnice nedaleko Lomnice nad Lužnicí. Jeho tok byl několikrát přehrazen. Vznikly tak velké jihočeské rybníky, z nichž nejznámější je rybník Dvořiště. Miletínský potok je 27 km dlouhý a odvodňuje území o rozloze 113 km čtverečních.

Pravostranný přítok říčky Smutné pramení u obce Chyšky. Od pramene až k Milevsku teče jižním směrem. Od Milevska směřuje na jihovýchod a asi 2 km jižně od Sepekova ústí do Smutné. Jeho tok je 20 km dlouhý a odvodňuje území o rozloze 80 km čtverečních.

Modravský potok je hlavním pramenným tokem Vydry. Pramení na severozápadním svahu Luzného v nadmořské výšce 1.210 m. Teče severním směrem a u Modravy se spojuje s Filipohuťským a Roklanským potokem. Odtud již pokračuje dál jako Vydra. Od pramene k soutoku na Modravě je dlouhý asi 13 km.

Netolický potok pramení jižně od Netolic, na horním toku je známý jako Stružka, u Netolic je nazýván Netolickým a na dolním toku Bezdrevským potokem. Vlévá se zleva do Vltavy nedaleko Hluboké nad Vltavou. Tok je napojen na soustavu rybníků, z nichž největší je známý Bezdrev. Netolický potok je dlouhý 44 km, plocha povodí činí 336 km čtverečních.

Ostružná je pravostranným přítokem Otavy. Vniká soutokem několika šumavských potoků nedaleko obce Javorná. Teče severovýchodním směrem a u městečka Kolinec obrací svůj tok k jihovýchodu. Do Otavy ústí u Dobršína asi 5 km severovýchodně od Sušice. Ostružná je 39 km dlouhá a odvodňuje území o rozloze 169 km čtverečních.

Potok Peklov je levostranný přítok řeky Volyňky. Ústí do ní u Nemětic (asi 6 km jižně od Strakonic). Pramení asi 8 km severně od Vimperka a až k soutoku dosahuje jeho tok délky 18 km. Plocha povodí činí 80 km čtverečních.

Malý vodní tok pramení asi 1,5 km východojihovýchodně od Debrníku ve výšce 1.115 m nad mořem. Obtéká vrch Ždánidla a ústí zprava do Křemelné asi 3 km severně od Prášil. Před soutokem s Křemelnou přibírá zprava ještě Jezerní potok, který odvádí vodu z Prášilského jezera.
Prášilský potok je dlouhý 11,5 km a odvodňuje území o rozloze 45 km čtverečních.

Potok pramenící ve výšce 675 m severně od Starého Města pod Landštejnem. Teče jižním směrem, překračuje hranice České republiky a u Peigartenu v Rakousku se vlévá zleva do Rakouské Dyje.
Pstruhovec dosahuje na území ČR délky 14 km, plocha jeho povodí činí 156 km čtverečních. Pod hradem Landštejn na něm byla vybudována údolní nádrž pojmenovaná podle hradu.

Říčka Českomoravské vrchoviny pramení severně od Nového Rychnova v nadmořské výšce 695 m. Ústí zleva do řeky Jihlavy v 528 m nad mořem. Tok dosahuje délky 12 km, povodí zaujímá plochu 37 km čtverečních.

Roklanský potok pramení v těsné blízkosti státní hranice ČR se SRN asi 0,5 km severozápadně od Blatného vrchu (1.367 m) v nadmořské výšce 1.264 m. Jeho tok směřuje od pramene k severu, protéká Roklanskou slatí a asi 1 km jižně od osady Javoří Pila se stáčí směrem na západ. Tímto směrem teče až k soutoku s Modravským potokem u Modravy. Potok je 14 km dlouhý a odvodňuje území o rozloze 48 km čtverečních.
Od Javoří Pily až k Modravě vede podél jeho toku trasa červené turistické značky.

Spolský potok se vlévá z levé strany do Zlaté stoky nedaleko Třeboně. Pramení asi 10 km východně od Českých Budějovic, teče východním směrem a přehrazením jeho toku u Třeboně vznikl za hrází jeden z nejznámějších jihočeských rybníků, rekreační rybník Svět. Spolský potok je 17 km dlouhý a odvodňuje území o rozloze 85 km čtverečních.

Spůlka je levostranný přítok řeky Volyňky, se kterou se spojuje asi 3 km jihozápadně od Čkyně. Pramení nedaleko vrchu Přilba (1.219 m) ve výšce 1.099 m n.m. Má tok dlouhý 19 km a odvádí vodu z území o ploše 104 km čtverečních.

Tichá je pravostranný přítok řeky Malše, s níž se spojuje asi 2 km jižně od Rychnova nad Malší. Pramení jako Hláska na jižním svahu vrchu Vyhlídka (788 m). Celým tokem dlouhým asi 9 km směřuje vytrvale od východu k západu.

Říčka Trnava je levostranný přítok Želivky, do níž se vlévá těsně za Želivem. Trnava pramení u Mladé Vožice nedaleko osady Blanička. Je dlouhá 54 km odvodňuje území o rozloze 341 km čtverečních. Na jejím toku byla vybudována těsně před Želivem přehradní nádrž Trnava.

Zlatý potok je pravostranný přítok řeky Losenice, se kterou se spojuje pod Kašperskými Horami. Pramení na jižním svahu vrchu Ždánov (1.065 m). Jeho přibližně 5 km dlouhý tok vede romantickým údolím, ve kterém jsou četné pozůstatky po rýžování zlata. Nad potokem jsou i pozůstatky štol z doby, kdy se zde zlato dobývalo ve štolách vyhloubených v okolních svazích. V jedné z nich je umístěna seismografická stanice.

Druhý pramenný tok Nežárky. Pramení asi 6 km severovýchodně od Kamenice nad Lipou na severním svahu Peleckého kopce (719 m) ve výšce 658 m nad mořem. S druhou zdrojnicí - říčkou Kamenicí - se spojuje u Jarošova nad Nežárkou.
Žirovnice je dlouhá 30 km a odvodňuje území o ploše 128 km čtverečních.

Drobný vodní tok pramení nedaleko obce Chroboly ve výšce 755 m nad mořem. Ústí zprava do Blanice nedaleko Husince ve výšce 465 m nad mořem. Délka toku je 11,5 km, plocha povodí 33 km čtverečních. Bývá zván také Bělečský potok.