Řeka Lužnice je pravým přítokem řeky Vltavy, do níž ústí poblíž Týna nad Vltavou v oblasti vodní nádrže Kořensko.

Pramení v Rakousku na západním svahu Aichelbergu v Novohradských horách v nadmořské výšce 920 m. V Rakousku se jmenuje Lainsitz. Asi 4 km od pramene vtéká Lužnice na české území. V délce asi 3 km tvoří státní hranici, poté se vrací zpět do Rakouska a pak již jako poměrně silný tok přichází natrvalo do Čech. Až k Českým Velenicím protéká horskou lesnatou krajinou. Za Velenicemi vtéká do široké Třeboňské pánve, známé soustavou rybníků z 15. a 16. století. V tomto úseku tvoří koryto řeky četné zákruty a boční ramena. Za Suchdolem nad Lužnicí se vlévá do Lužnice říčka Dračice, která protéká malebnou lidskou rukou nedotčenou krajinou při hranicích s Rakouskem. U mohutného jezu zvaného Pilař se od Lužnice odděluje asi 48 km dlouhá Zlatá stoka. U Novořecké bašty (asi 6 km pod obcí Majdalena) odbočuje z původního řečiště vpravo odvodňovací průplav Nová řeka. Původní, často meandrující a neupravované koryto řeky mezi obcemi Majdalena a Stará Hlína je i se svým okolím dnes známé jako přírodní rezervace Meandry Lužnice. Dále pokračuje Lužnice kolem města Třeboň pod názvem Stará řeka, protéká stejnojmennou rezervací a za ní napájí největší český rybník Rožmberk. Pod ním protéká Chráněnou krajinnou oblastí Třeboňsko až k Veselí nad Lužnicí. Zde přijímá zpět Zlatou stoku. Ve Veselí zachycuje Lužnice zprava vody řeky Nežárky a dále protéká okolo Borkovických blat k Soběslavi a Táboru. Před Táborem se její údolí prohlubuje a zužuje. Pod hradbami města se tok Lužnice, směřující doposud přímo na sever, obrací prudce k jihozápadu. Za Táborem protéká úzkým a skalnatým údolím. Přibírá z prava vody Vlásenického potoka, jehož dolní tok je chráněn jako přírodní památka, a pokračuje kolem zřícenin hradů Příběnice a Dobronice k lázeňskému městu Bechyni. Přibližně v polovině cesty mezi Táborem a Bechyní přemosťuje Lužnici u Stádlce cenný řetězový most. V Bechyni přijímá řeka zprava vody říčky Smutné. Za městem se k ní připojuje krásným kaňonem se linoucí potok zvaný Židova strouha. Od Bechyně vede řečiště sevřené lesnatými stráněmi vodu Lužnice ke Kolodějím nad Lužnicí, kde již začíná vzdutí Orlické přehradní nádrže, a k Týnu nad Vltavou, před nímž se vlévá poblíž Neznašova do řeky Vltavy.

Lužnice je typická nížinná řeka, jejíž tok je po celé délce zadržován četnými jezy. Pomalý proud bývá rychlejší pouze v době jarního tání nebo po větších deštích. Patří mezi nejčastěji sjížděné řeky u nás, a proto bývá zvána rájem českých vodáků. Sjízdná je prakticky po celé délce toku na našem území. Úsek nejlepší sjízdnosti začíná u městečka Suchdol nad Lužnicí a končí až před ústím do Vltavy. Od pramene k soutoku s Vltavou je Lužnice dlouhá 208 km. Odvodňuje území o ploše 4.226 km čtverečních.

Od rybníka Rožmberka do Veselí nad Lužnicí a dále k Dráchovu sleduje tok Lužnice trasa červené turistické značky. Od Dráchova do Soběslavi vede okolo řeky modře značená turistická trasa, mezi Planou nad Lužnicí a Táborem modrá a žlutá turistická značka. Nejzajímavější částí údolí Lužnice mezi Táborem a soutokem s Vltavou vede trasa červené značky.