Chráněná krajinná oblast Třeboňsko byla vyhlášena v listopadu roku 1979. Pro významné přírodní hodnoty bylo její území zařazeno již v roce 1977, tedy ještě před vyhlášením za CHKO, do světové sítě biosférických rezervací UNESCO. CHKO zaujímá jihovýchodní část České republiky při státní hranici s Rakouskem na části okresů Jindřichův Hradec, Tábor a České Budějovice. Prostírá se na ploše 700 km čtverečních a je prvním velkoplošným územím u nás, které bylo umístěno do ploché, rovinaté krajiny.

Z přírodovědného hlediska je Třeboňsko pozoruhodné především svou bohatostí rostlinstva. Velkým bohatstvím jsou rozsáhlé jehličnaté a smíšené lesy. Na zamokřených pozemcích jsou rozšířeny vzácné vlhkomilné rostliny, které se jinde v ČR nevyskytují. Na Třeboňsku je i několik lokalit ve střední Evropě již vzácných rozmanitých luk s řadou rostlin z řádu vstavačovitých. Zvláště proslulá je tato oblast bohatostí druhů květeny stojatých i tekoucích vod, k jejichž studiu bylo v Třeboni založeno hydrobiologické oddělení Botanického ústavu České akademie věd.

Třeboňsko je bohaté i řadou rozmanitých živočišných druhů. Mezi nimi vyniká především velké množství vodních ptáků. K jejich pozorování byla zřízena světoznámá ornitologická rezervace Velký a Malý Tisý poblíž Třeboně.

Bohatá a pestrá příroda Třeboňska, zvláště její mimořádně cenné a unikátní části, je chráněná v maloplošných chráněných územích. Z dvaceti osmi těchto území v CHKO má pět statut národní přírodní rezervace (NPR) - Velký a Malý Tisý u Lomnice nad Lužnicí, přirozený meandrující tok Lužnice se zbytky lužních lesů v NPR Stará řeka nedaleko Třeboně, rašeliniště s NPR Ruda na jižním břehu Horusického rybníka, zachovalá rašeliniště Červené blato a Žofínka.
Vedle národních přírodních rezervací jsou v CHKO Třeboňsko zřízeny i přírodní rezervace (PR). Mezi ně patří například PR Bukové kopce nedaleko Chlumu u Třeboně, PR Horní Lužnice na horním toku Lužnice u Dvorů nad Lužnicí, PR Písečný přesyp u Vlkova nedaleko Veselí nad Lužnicí nebo PR Záblatské louky nedaleko Záblatí u Ponědraže.

Na Třeboňsku je pro poučení návštěvníků zřízeno i několik naučných stezek. Přírodní rezervaci Červené blato prochází stejnojmenná stezka, okolo rybníka Světa vede naučná stezka Cesta kolem Světa a na hrázi Světa začínají i cyklostezka Okolo Třeboně a naučná stezka Rožmberk.