Der Fluss Lomnice mündet in den Fluss Otava von der linken Seite, nicht weit von der Burg Zvíkov.

Er entspringt an den Abhängen des Bergs Třemšín (827 m), in Mittelböhmen, in der 733 m Seehöhe. Von der Quelle fließt er nach Südosten zu Blatná, wo er viele Teiche mit dem Wasser versorgt. Hier wendet sich sein Wasserlauf nach Osten und fließt durch das hügelige Gebiet um Mirotice. Hinter Mirotice fließt er zum Zusammenfluss mit dem Fluss Skalice durch ein bewaldetes Tal. Unter einer gewaltigen Kiefer, auf der "V Obouch" genannten Stelle, verbinden sich beide Flüsse und münden gemeinsam in den Stausee Orlík. Die fast 3 km lange Bucht reicht fast bis zum Zusammenfluss.

Der Fluss Lomnice, der zu den bedeutenden Wasserläufen der Wasserwirtschaft gehört, überwindet auf seinem 60 km langen Wasserlauf den Höhenunterschied 387 m. Er entwässert ein Gebiet von 831 Quadratkilometern.

Die Wassersportler nutzen ihn im Abschnitt von Blatná bis zum Zusammenfluss mit dem Fluss Otava. Die Trasse der blauen Markierung (bekannt auch unter dem Namen "Alšova cesta") führt entlang des Flusses im Abschnitt von Lučkovice (etwa 3 km nordwestlich von Mirotice) bis zum Zusammenfluss mit dem Fluss Skalice im Naturreservat "V Obouch".