Die Stadt Sezimovo Ústí bildet einen Bestandteil der Industrieagglomeration von Tábor. Sie liegt etwa 3 km südlich von Tábor, am rechten Ufer des Flusses Lužnice, am Bach Kozský potok, an der Straßen- und Eisenbahnverbindung von Praha über Tábor nach České Budějovice, in der 400 m Seehöhe.

Die Stadt besteht aus zwei Teilen. Sezimovo Ústí I liegt näher dem Fluss Lužnice und seine Geschichte ist älter als die Geschichte des jüngeren Sezimovo Ústí II.
Sezimovo Ústí I wurde zum ersten Mal als Ústí schon 1262 erwähnt. Später wurde es in Zusammenhang mit Sezema aus dem Geschlecht Vítek gesetzt, deshalb wurde es Sezimovo Ústí genannt. 1420 wurde das Dorf von seinen Hussiteneinwohnern zerstört, die in die neugegründete Ortschaft Tábor umzogen. Die ursprüngliche Gemeinde wurde erst 1827 erneuert.
Sezimovo Ústí II entstand erst im Jahr 1939 auf der Stelle des ehemaligen Stadthofes. Damals begann der Aufbau des großen Industriebetriebs MAS (später Kovosvit). In seiner Nachbarschaft wuchs eine kleine Stadt, die zu Sezimovo Ústí I angegliedert wurde. Nach dem Zweiten Weltkrieg kam es zur Entwicklung der Gemeinde durch den Aufbau von anderen Industriebetrieben.

In Sezimovo Ústí I befindet sich der Gedenksaal des Archäologen Josef Švehla, der hier am Ende des 19. Jh. die Untersuchung des untergegangenen Ústí machte.
Am Rand von Sezimovo Ústí I, am Zusammenfluss des Bachs Kozský potok mit dem Fluss Lužnice, steht in der Mitte des ausgedehnten Naturparks (8,5 ha) die ehemalige Familienvilla des zweiten Präsidenten der Tschechoslowakischen Republik – Edvard Beneš, der hierher oft kam und hier auch starb. Sein Grab ist der Öffentlichkeit im unteren Parkteil zugänglich.
Die Villa dient heute der tschechischen Regierung.