Bernartice trug sich in die moderne Geschichte unseres Staates in der Zeit des Zweiten Weltkriegs ein. Um die Wende der Jahre 1941 und 1942 sprangen auf das Territorium des damaligen Protektorats einige Fallschirmspringergruppen aus England ab. Einige von ihnen fanden Zufluchtsort in den Familien der hiesigen Bürger. Sie sollten sich hier nur kurz aufhalten, aber die Gestapo erfuhr es trotzdem. Am 10. Juni 1942 unternahm die Gestapo in Bernartice einen Streifzug, bei dem 22 hiesige Bürger festgenommen wurden. Weitere Verhaftung verlief bis Juli 1942. 24 hiesige Bürger wurden in Luby bei Klatovy hingerichtet, andere in Tábor, viele Verhaftete kamen in den Konzentrationslagern ums Leben.
In den letzten Tagen des Krieges wurde der Name Bernartice im Zusammenhang mit der antifaschistischen Widerstandsbewegung noch einmal erwähnt. Am 8. Mai 1945 stoß die SS-Truppe, die die Stadt besetzen wollte, auf Widerstand der Bürger aus Bernartice. Zur Vergeltung sollten zwanzig Bürger hingerichtet werden. Sie wurden von den Truppen der Freiwilligen gerettet, die von Bechyně zurückkehrten, und griffen auf dem Berg Na Posvátném den Feind an. Beim Kampf kamen viele Bürger aus Bernartice ums Leben. Als Erinnerung an dieses Ereignis wurde auf dem Berg Na Posvátném ein Denkmal in der Form von einem Granitmonolith gebaut.