Svatý Jan nad Malší ist ein kleines Dorf, etwa 10 km nördlich von Kaplice und etwa 5 km östlich von Velešín. Seine Lage auf dem Hügel über dem Fluss Malše, in der 614 m Seehöhe, ermöglicht einen schönen Blick auf die Umgebung.

Im 18. Jh. wurde das Dorf zu einem bedeutenden Wallfahrtsort. 1732 - 1735 wurde hier die Kirche Hl. Johann von Nepomuk im Barockstil erbaut. Sie ist von Kreuzgängen umschlossen, die 1778 - 1782 angebaut wurden.

Die schöne Lage auf dem Berg ermöglicht eine Rundaussicht in das ganze Becken Českobudějovická pánev, besonders auf den Berg Kleť.