Oblast Šumavy s mimořádnou hodnotou přírodního prostředí, které ještě nebylo rozhodujícím způsobem negativně poznamenáno lidskou činností, byla v prosinci roku 1963 vyhlášena Chráněnou krajinnou oblastí (CHKO). Tehdy svou rozlohou 1.630 km čtverečních patřila mezi největší chráněná území v tehdejší ČSSR. Rozkládala se na území dvou krajů - Jihočeského (1.080 km čtverečních) a Západočeského (550 km čtverečních). Po vyhlášení Národního parku Šumava se území CHKOŠ zmenšilo na 1.003 km čtverečních.

CHKOŠ se rozkládá na území okresů Prachatice, Český Krumlov a Klatovy. Její území sahá od Nýrska po Frymburk. Většina mimořádně cenných území původní CHKO Šumava byla zahrnuta do I. zóny nově vyhlášeného Národního parku. Na území zmenšené CHKO zůstala však řada území zasluhujících zvýšenou ochranu.

Ta jsou chráněna formou národních přírodních rezervací (NPR) nebo přírodních rezervací (PR), případně národních přírodních památek (NPP) nebo přírodních památek (PP).
Mezi nejznámější NPR v CHKO Šumava patří Boubínský prales, Bílá strž, Černé a Čertovo jezero. Z přírodních rezervací patří mezi nejvýznamnější Hamižná hora, Milešický prales.
Mezi významné přírodní památky v CHKO Šumava můžeme zařadit zejména PP Lipka, Svatý Tomáš, Velké bahno, Poušť, Malý Polec a některé další.

Statut Národního parku získala část Chráněné krajinné oblasti Šumava v březnu roku 1991. Jeho posláním je uchování a zlepšení přírodního prostředí chráněného území a ochrana či obnova samořídících funkcí přírodních systémů.
NP Šumava se táhne od Železnorudské kotliny na západě, zahrnuje oblast Šumavských plání v okolí Kvildy a dál sleduje jeho hranice tok Teplé Vltavy až k Nové Peci u Lipenského jezera. Zahrnuje i Trojmezenskou hornatinu s masivem Plechého. Svou rozlohou 69.030 ha je největším národním parkem nejen v ČR, ale i v celé střední Evropě. Nadmořská výška jeho území se pohybuje od 600 (údolí Otavy u Rejštejna) do 1378 m (vrchol Plechého - nejvyšší hory české části Šumavy).

Funkci ochranného pásma pro národní park plní CHKO Šumava. Na území SRN (v Bavorsku) na NP Šumava navazuje NP Bavorský les. Tato tři území (NP Šumava, CHKO Šumava a NP Bavorský les) tvoří jednotný, v Evropě jedinečný přírodní celek, který UNESCO vyhlásilo v roce 1990 biosférickou rezervací.

Pro ochranu přírody je NP rozdělen do tří zón a několika klidových území. Kromě toho je zde chráněna i řada menších lokalit formou statutu přírodní památky (PP).
První zóna zahrnuje nejcennější území. Zásahy člověka jsou zde omezeny na nejmenší míru a návštěvníci se tu mohou pohybovat pouze po vyznačených turistických okruzích. V terénu jsou její hranice vyznačeny červenými pruhy na hraničních stromech a tabulemi s nápisem I. zóna NP. Ve II. zóně jsou území s významnými přírodními hodnotami, které ovlivnil člověk svou činností. Probíhá zde hospodářská činnost, jejímž účelem je udržení přírodní rovnováhy. Tato zóna je využívána k turistice a rekreaci. Návštěvníci se zde musí řídit návštěvním řádem, jinak jejich pohyb není omezen. Třetí zóna (okrajová) zahrnuje území značně poznamenané lidskou činností. Je určena k trvalému bydlení, probíhá zde zemědělská výroba, turistika i rekreace, ovšem při dodržování zásad ochrany přírody.

Klidová území zahrnují nejcennější území NP z hlediska ochrany živočichů citlivých na přítomnost člověka a ochrany přírodního rostlinného krytu před nadměrným poškozováním. Vstup do těchto území je povolen pouze po značených turistických trasách. V terénu jsou jejich hranice vyznačeny tabulemi.
Statutem přírodní památka jsou chráněna menší území mimořádných přírodních hodnot, především z hledisek geologických a geomorfologických. V NP Šumava mezi ně patří především Chalupská slať, Buková slať, kotlina Valné, Modravské slatě, Obří hrad, Povydří, Malá niva, Prameny Vltavy, Stožec, Trojmezná hora, Tetřevská slať a některé další.

Správa NP a CHKO Šumava má sídlo ve Vimperku. Detašovaná pracoviště jsou zřízena v Kašperských Horách a Horní Plané. Na celém území NP jsou vytvořena informační střediska - buď obslužná s výkladem pracovníků NP, nebo samoobslužná, kde návštěvník získá informace na přehledných panelech.

Celý NP je protkán sítí turistických tras, cyklotras i lyžařských stop, které návštěvníky zavedou do nejkrásnějších míst Šumavy. Jsou v terénu velmi dobře značené a zakreslené jsou i v turistických mapách vydaných od roku 1995.

Vodáci mohou pro vodní turistiku využít celkem 59 km vodáckých tras, které jsou zejména na řekách Otavě a Vltavě.

Pro návštěvníky NP a CHKO Šumava je připravena i řada naučných stezek. Mezi nejznámější patří NS Národní park, Medvědí stezka, NS Chalupská slať, NS Boubínský prales, NS Churáňov, NS Železnorudsko, NS Povydří, NS Hamižná hora.