Nedaleko vrcholu Boubína se rozprostírá komplex původního jedlobukového porostu s příměsí smrčin, známý jako Boubínský prales. Tento prastarý les zde byl zachován přičiněním lesmistra Johna. Tehdejší majitel zdejšího panství, kníže Jan Adolf Schwarzenberg, vyhověl jeho naléhání a v roce 1858 rozhodl, aby část lesních porostů o rozloze 150 ha byla vyjmuta z normálního lesního hospodaření a stala se tak po Žofínském pralese a Hojné Vodě další pralesní rezervací v Čechách.

Velká vichřice roku 1870 však značnou část porostů v nově vyhlášené rezervaci poničila. Nepoškozená zůstala pouze část pralesního prostoru o ploše necelých 50 ha. Po zestátnění šumavských lesů v roce 1933 bylo toto území vyhlášeno státní přírodní rezervací. V poválečném období byla výměra rezervace několikrát měněna a nakonec rozšířena na dnešních 666 hektarů. Vlastní jádro rezervace je veřejnosti nepřístupné. V minulosti totiž množství turistů, kteří si chtěli prales prohlédnout, sešlapem vážně poškodilo kořeny stromů, ty uschly a podlehly větru nebo lesním škůdcům.
Stejný osud postihl i tzv. "Krále smrků". Tento mohutný strom, který dosahoval výšky 58 m a obsahoval na 30 m krychlových dřevní hmoty, padl v prosinci 1970. Tehdy bylo přijato rozhodnutí o tom, že jádro pralesa s největšími stromy a dalšími přírodními zajímavostmi bude veřejnosti nepřístupné.

V roce 1979 byla okolo jádra pralesa vybudována Naučná stezka Boubínský prales. Okružní stezka vede po obvodu nejzachovalejší části pralesa po lesních cestách.