Der Fluss Moravská Dyje entspringt etwa 4 km südöstlich von Třešť, in der 635 m Seehöhe. Der Fluss fließt nach Süden um die Städte Telč und Dačice. Bei Raabs in Österreich fließt er mit dem Fluss Rakouská Dyje zusammen.

Der Fluss ist 68 km lang. Er entwässert ein Gebiet von 630 Quadratkilometern.