Rozhraní mezi Českobudějovickou pánví na západě a Třeboňskou pánví na východě tvoří vyvýšenina Lišovského prahu. Jeho nadmořská výška se pohybuje mezi 350 - 550 metry, relativní výšky činí 50 - 100 metrů.

Lišovský práh je na východě proti Třeboňské pánvi vymezen přibližně hranicí, kterou tvoří spojnice Borovany, Lišov, Ševětín. Na západě, proti Českobudějovické pánvi, tvoří jeho přibližnou hranici spojnice míst Rudolfov, Hosín, Hluboká nad Vltavou, Týn nad Vltavou.

Nejvyšších výšek dosahuje Lišovský práh vrchy Větrník (568 m) nedaleko Lišova a Baba (570 m) západně od Ševětína.