Děkanský kostel svatého Jiljí je jako farní připomínán již v roce 1280. Při založení kláštera augustiniánů v roce 1367 se stal kostelem klášterním. Současně se zahájením stavby kláštera byl kostel důkladně přestavěn a vybaven byl zařízením vysoké umělecké hodnoty. Při požáru města v roce 1781 pobořil padající krov nad kněžištěm původní gotickou klenbu a kněžiště bylo poté zaklenuto klenbou barokní. Při generální opravě kláštera i chrámu v letech 1897 - 1903 byla regotizována věž kostela.
Na stěnách uvnitř kostela se zachovala malířská výzdoba, pocházející převážně z druhé poloviny 15. století.

Augustiniánský klášter byl založen v roce 1367 Rožmberky a od svého vzniku se řadil k předním centrům vzdělanosti a umělecké tvorby na českém jihu.
V konventu je uchována v téměř neporušené podobě křížová chodba. Na jižní straně nádvoří postavil Petr z Rožmberka dům s kaplí svatého Jana Křtitele, která je připomínána již roku 1380. Ostatní budovy na nádvoří kláštera jsou převážně z období nového rozkvětu kláštera v 18. století.