Klášterní kostel Nanebevzetí Panny Marie je nejcennější památkou gotické cisterciácké architektury v Čechách. Jeho stavba byla zahájena roku 1281 a dokončena byla ve druhé polovině 14. století. K síňovému trojlodí, postavenému v období 1360 - 1380, přiléhá příčná loď z počátku 14. století s polygonálně uzavřeným presbytářem vystavěném koncem 13. století. K němu přiléhají z obou stran dvojice kaplí vysvěcených roku 1316.
První větší opravy kostela proběhly až v polovině 19. století. Tehdy byla postavena také novogotická věž s jehlancovou střechou.

Interiéry chrámu jsou sklenuty křížovými žebrovými klenbami. Nejvzácnější dochovanou památkou kostela je známý deskový obraz Madona vyšebrodská z doby kolem roku 1420. Spolu s oltářními obrazy Mistra vyšebrodského, patřícími k nejcennějším dílům českého gotického malířství, je dnes uložen v Národní galerii v Praze. V kostele je umístěna kopie. Hlavní oltář je raně barokní z let 1644 - 1646.